José Pereira iniciou os seus estudos musicais na Banda Musical Lanhelense. Mais tarde estudou na Escola Profissional de Música de Viana do Castelo com Armando Gonzalez e na ANSO (Academia Nacional Superior de Orquestra) com Aníbal Lima. Frequentou master-classes com Serguei Arantounian, Nicolas Chumashenco, Anotoli Swarzburg, Evélio Teles, Aníbal Lima, Gerardo Ribeiro, Lee-Chin Siow, Ilian Gronniz, Serguei Kravechenco, Vadim Répin, Thomas Brandies, entre outros.

Em 2003 recebeu o 2º Prémio e em 2004 o 1º Prémio em violino – nível superior no “Prémio Jovens Músicos da RDP – Antena 2”.

Já trabalhou com os maestros Peter Rundel, Emilio Pomárico, Brad Lubman, Paul Hillier, Michael Sanderling , Olari Elts, Joseph Swensen, Stefan Asbury, Peter Etvoos, entre outros, tocou com orquestras como a Orquestra Sinfónica do Porto Casa da Música, Orquestra Metropolitana de Lisboa, Orquestra Gulbenkian, Orquestra Académica Metropolitana de Lisboa, Orquestra “Pedro Álvares Cabral”, Orquestra Utópica, entre outras.

É membro fundador do Ensemble Contrapunctus e do Webern Trio, e apresenta-se regularmente com o Sond’Art Electric Ensemble, o Ensemble Darcos e o Musik Fabrik de Colónia. Em 2014 tocou a solo com a Orquestra de Sopros do Departamento de Comunicação e Arte da Universidade de Aveiro e com a Orquestra Clássica de Espinho. Para além de já se ter apresentado em todas as principais salas de concerto de Portugal, e de integrar regularmente a programação dos principais festivais de música portugueses, também atuou em Valência, Roterdão, Huddersfield, Barcelona, Estrasburgo, Paris, Orleães, Bourges, Reims, Antuérpia, Madrid, Budapeste, Norrköping, Viena, Witten, Berlim, Amesterdão, Colónia, Zurique, Luxemburgo e Bruxelas. Em 2011, com o Remix Ensemble, apresentou-se no Wiener Festwochen (Viena) e no Festival Agora (IRCAM – Paris) e em 2012 no Festival Musica de Estrasburgo e na Filarmónica de Berlim. É também com o Remix Ensemble que tem vários discos editados com obras de Pauset, Azguime, Côrte-Real, Peixinho, Dillon, Jorgensen, Staud, Nunes, Bernhard Lang, Pinho Vargas, Wolfgang Mitterer, Karin Rehnqvist, Pascal Dusapin e Luca Francesconi, sendo que o disco dedicado a Dusapin mereceu o destaque da revista Gramophone tendo sido colocado na lista da Escolha dos Críticos de 2013.

Entre os principais projetos mais recentes, destaca-se a participação a solo com a orquestra Metropolitana de Lisboa, a participação como concertino convidado na orquestra Basel Sinfonietta, a estreia mundial da ópera Giordano Bruno de Francesco Filidei, no Porto e em Estrasburgo, pelo Remix Ensemble Casa da Música e também a estreia mundial de RI-TRATTO para violino solo do compositor Heinz Holliger.

Atualmente, José Pereira é Concertino convidado na Orquestra Sinfónica Portuguesa – Teatro Nacional de São Carlos, 2º Concertino na Orquestra Metropolitana de Lisboa e professor de violino na Academia Nacional Superior de Orquestra.