José Pereira comenzó sus estudios musicales en la Banda Musical Lanhelense. Posteriormente estudió en la Escuela Profesional de Música de Viana do Castelo con Armando González y en la ANSO (Academia Nacional Superior de Orquestra) con Aníbal Lima. Asistió a clases magistrales con Serguei Arantounian, Nicolas Chumashenco, Anotoli Swarzburg, Evélio Teles, Aníbal Lima, Gerardo Ribeiro, Lee-Chin Siow, Ilian Gronniz, Serguei Kravechenco, Vadim Répin, Thomas Brandies, entre otros.

En 2003 recibió el 2º Premio y en 2004 el 1º Premio de Violín – nivel superior en el «RDP Premio Jóvenes Músicos – Antena 2».

Ha trabajado con los directores Peter Rundel, Emilio Pomárico, Brad Lubman, Paul Hillier, Michael Sanderling, Olari Elts, Joseph Swensen, Stefan Asbury, Peter Etvoos, entre otros, tocando con orquestas como la Orquesta Sinfónica de Porto Casa da Música, Orquesta Metropolitana de Lisboa, Orquesta Gulbenkian, Orquesta Académica Metropolitana de Lisboa, Orquesta Pedro Álvares Cabral, Orquesta Utópica, entre otras.

Es miembro fundador del Ensemble Contrapunctus y del Webern Trio, y actúa regularmente con el Sond’Art Electric Ensemble, el Ensemble Darcos y el Musik Fabrik de Colonia. En 2014 tocó a solo con la Orquesta de Viento del Departamento de Comunicación y Arte de la Universidad de Aveiro y con la Orquesta Clásica de Espinho. Además de haber actuado en todas las principales salas de conciertos de Portugal, e integrado regularmente el programa de los principales festivales de música portugueses, también actuó en Valencia, Rotterdam, Huddersfield, Barcelona, Estrasburgo, París, Orleans, Bourges, Reims, Amberes, Madrid, Budapest, Norrköping, Viena, Witten, Berlín, Ámsterdam, Colonia, Zúrich, Luxemburgo y Bruselas. En 2011, con el Remix Ensemble, actuó en el Wiener Festwochen (Viena) y el Festival Agora (IRCAM – París) y en 2012 en el Festival de Música de Estrasburgo y la Filarmónica de Berlín. También es con el Remix Ensemble que tiene varios álbumes editados con obras de Pauset, Azguime, Côrte-Real, Peixinho, Dillon, Jorgensen, Staud, Nunes, Bernhard Lang, Pinho Vargas, Wolfgang Mitterer, Karin Rehnqvist, Pascal Dusapin y Luca Francesconi, y el álbum dedicado a Dusapin ha merecido el protagonismo de la revista Gramophone al haber sido colocado en la Elección de los Críticos de 2013.

Entre los principales proyectos más recientes, se encuentra la participación en a solo con la Orquesta Metropolitana de Lisboa, la participación como concertino invitado en la orquesta Basel Sinfonietta, el estreno mundial de la ópera Giordano Bruno de Francesco Filidei, en Oporto y Estrasburgo, por el Remix Ensemble Casa da Música y también el estreno mundial de RI-TRATTO para violín solo del compositor Heinz Holliger.

Actualmente, José Pereira es Concertino invitado en la Orquesta Sinfónica Portuguesa – Teatro Nacional de São Carlos, 2º Concertino en la Orquesta Metropolitana de Lisboa y profesor de violín en la Academia Nacional Superior de Orquestra.